Wieś położona jest wśród masywów Gór Leluchowskich, niedopodal granicy ze Słowacją. Początki osadnictwa w Wojkowej sięgają prawdopodobnie XIII w., kiedy na Stupnem (817 m n.p.m) istniał zamek, a na terenach obecnej wsi strażnica graniczna. Lokacja wsi nastąpiła na surowym korzeniu w 1595 r., na mocy przywileju kardynała Jerzego Radziwiłła. Ludność Wojkowej trudniła się aprowizacją dworu biskupiego, min. w wino, a także uprawą roli, hodowlą bydła i produkcją węgla drzewnego. O zamożności wsi świadczy istnienie folusza, młynu, tartaku oraz karczmy. Od 1781 r. należała do Kamery Austriackiej, a po 1813 stała się własnością prywatną. Austriacy wznieśli na południowy zachód od Wojkowej okopy, których pozostałości zachowały się do dnia dzisiejszego. Tradycja przypisuje je Konfederatom Barskim. W czasie okupacji w południowej części wsi zbudowana została strażnica graniczna.
W początkach XX w. w Wojkowej działała szkoła i czytelnia. Akcja „Wisła” zmusiła zamieszkujących Wojkową Łemków do opuszczenia wsi. O ich obecności świadczą łemkowskie chaty, spichlerze, kapliczki oraz liczne kamienne krzyże. W miejscu objawienia zachowała się 200-letnia kapliczka z figurą Matki Boskiej.